Presentazione

Organizzazione della Didattica

DM270
BIOLOGIA EVOLUZIONISTICA ORD. 2009

Filogenesi molecolare

6

Corsi comuni

 

Frontali Esercizi Laboratorio Studio Individuale
ORE: 40 0 16 60

Periodo

AnnoPeriodo
I anno1 semestre

Frequenza

Obbligatoria

Erogazione

Convenzionale

Lingua

Italiano

Calendario Attività Didattiche

InizioFine
01/10/201424/01/2015

Tipologia

TipologiaAmbitoSSDCFU
caratterizzanteDiscipline del settore biomolecolareBIO/115
affine/integrativo Nessun ambitoBIO/051


Responsabile Insegnamento

ResponsabileSSDStruttura
Dott. GRAPPUTO ALESSANDROBIO/05Dipartimento di Biologia

Altri Docenti

Non previsti

Attività di Supporto alla Didattica

Esercitatore
Dott.ssa MARINO ILARIA ANNA MARIA

Bollettino

Non sono richieste propedeuticità, ma conoscenze di base di genetica, biologia evoluzionistica, informatica e bioinformatica

Dalla frequenza di questo corso gli studenti dovrebbero acquisire gli elementi di base utili per affrontare l'analisi e l'interpretazione di dati di sequenziamento in una prospettiva di tipo evolutivo.

Il corso consiste di 40 ore di didattica frontale e 16 ore di laboratorio. Le ore di laboratorio sono suddivise in una parte molecolare pratica, con estrazioni di DNA, PCR e sequenziamento da campioni biologici e una bioinformatica. I laboratori comprenderanno lavori individuali e/o di gruppo nei quali gli studenti analizzeranno casi di studio e applicheranno i metodi studiati.

Lezioni frontali: Lo studio dell'evoluzione a livello molecolare costituisce un settore di ricerca che sfrutta il connubio tra i più' recenti progressi della biologia molecolare e la tecnologia informatica. Durante il corso verranno trattati i principali aspetti dell'evoluzione molecolare e della filogenesi. In particolare si considereranno: le diverse tipologie di dati molecolari e le tecniche per la loro raccolta; l'allineamento delle sequenze; il confronto di sequenze di DNA e proteiche per il calcolo di distanze genetiche; i meccanismi di evoluzione molecolare e la teoria della neutralità selettiva; i modelli di sostituzione nucleotidica; l'identificazione delle specie mediante sequenziamento di DNA (barcoding); la ricostruzione filogenetica basata sui concetti di massima parsimonia, di distanza genetica, di massima verosimiglianza e bayesiana; l'impiego di sequenze geniche multiple mediante concatenamento e supertrees; il concetto di orologio biologico e la sua applicazione nella filogenesi; la selezione Darwiniana a livello molecolare e le tecniche per rilevarla; i progetti di sequenziamento genomico e la filogenomica. Laboratorio: Identificazione molecolare di specie (barcoding); Estrazione del DNA da campioni sconosciuti, PCR e sequenziamento di DNA mitocondriale; Laboratorio bionformatico: lettura dei cromatogrammi; utilizzo del barcode database BOLD e GenBank per l'identificazione di specie; ricostruzione filogenetica con i principali algoritmi con l'uso di MEGA.

Scritto

Lo studente sarà valutato sulla base delle conoscenze acquisite e della capacità di utilizzare gli strumenti molecolari ed informatici necessari per analizzare dati ed interpretare alberi filogenetici.

Hall Barry G., Phylogenetic tree made easy: A how to manual. IV edition. Massachusetts USA: Sinauer, 2011 Lemey P., Salemi M., Vadamme A., The phylogenetic handbook. II edition. Cambridge UK: Cambridge, 2009

Diapositive esposte a lezione e articoli assegnati sono disponibili su piattaforma elearning