Presentazione

Organizzazione della Didattica

DM270
BIOLOGIA MOLECOLARE


5

Corsi comuni

 

Frontali Esercizi Laboratorio Studio Individuale
ORE: 24 0 32 69

Periodo

AnnoPeriodo
I anno2 semestre

Frequenza

Obbligatoria

Erogazione

Convenzionale

Lingua

Italiano

Calendario Attività Didattiche

InizioFine
02/03/201512/06/2015

Tipologia

TipologiaAmbitoSSDCFU
altre attivita' Nessun ambitoINF/015


Responsabile Insegnamento

ResponsabileSSDStruttura
Prof. DI PIETRO ROBERTOINF/01Dipartimento di Matematica

Altri Docenti

DocenteCoperturaSSDStruttura
Prof.ssa BORTOLUZZI STEFANIAAffidamentoBIO/13DIPARTIMENTO DI MEDICINA MOLECOLARE

Attività di Supporto alla Didattica

Esercitatore
Dott. BISOGNIN ANDREA
Sig. FEREIDOONI HOSSEIN

Bollettino

Nessuno.

Obiettivo dell'insegnamento è quello di permettere allo studente di acquisire alcune conoscenze di base relativamente all'Informatica e la Bioinformatica. Per quanto riguarda l'Informatica, l'insegnamento si propone di dare una introduzione alla struttura e funzionamento di un computer, con particolare attenzione al sistema operativo e alla comunicazione in rete. Saranno inoltre introdotti i concetti base relativi alle basi di dati e al web. Infine lo studente sarà introdotto alla programmazione in python e ai principali software di produzione personale tramite lezioni ed esercitazioni in aula informatica. La parte di Bioinformatica si prefigge di introdurre lo studente all’importanza e alla pervasività della disciplina bioinformatica nella biologia moderna e di fornire allo studente di la motivazione per lo studio dell’informatica come materia propedeutica la lavoro del biologo molecolare.

Lezioni frontali ed esercitazioni in laboratorio informatico.

INFORMATICA - Concetti e nozioni di base dell’informatica (architettura di Von Neumann, rappresentazione dell'informazione) - Sistemi Operativi (Unix/Linux e Windows) - Reti (Internet e il World Wide Web, TCP/IP, SSH, posta elettronica, HTML, motori di ricerca). - Basi di Dati. - Utilizzo di software di produttività personale (in particolare, editori di testo e fogli elettronici). - Elementi di programmazione utilizzando il linguaggio Python BIOINFORMATICA La biologia molecolare nell'era dei "big data": le metodologie sperimentali high-troughput e la grande disponibilità di dati sperimentali e conoscenza richiedono approcci quantitativi basati sull'informatica e la statistica per lo studio dei fenomeni biologici. Database: database di biosequenze, risorse web orientate alla genetica, alla biologia molecolare e alla genomica. Lavorare con le sequenze: allineamenti, cenni sugli algoritmi di allineamento locale e globale, omologia e similarita', BLAST. Navigare i genomi: Risorse NCBI, UCSC Genome Browser, ENSEMBL, ENCODE. Esercitazioni pratiche: esercitazioni sugli argomenti sopradescritti verranno svolte mediante database e webtools; un’esercitazione verterà sull’utilizzo della Shell e di Python per svolgere operazioni di base su file di sequenze.

Scritto a risposta multipla (sia per la parte di Informatica che Bioinformatica).

L'esame scritto tende a valutare il livello di conoscenze acquisite durante il corso, sia in termini di conoscenza di concetti che di applicazione degli stessi a casi concreti.

J. Glenn Brookshear, Informatica. Una panoramica generale. : Pearson, 2006 Krane e Raymer, Fondamenti di Bioinformatica. : Pearson, 2007

Vengono rese disponibili, come riferimento, i lucidi utilizzati a lezione. Per la programmazione in Python si farà riferimento a parti del libro: Downey, J. Elkner, C. Meyers. “Pensare da Informatico, Imparare con Python” scaricabile liberamente da http://www.python.it/doc/Howtothink/HowToThink_ITA.pdf Lo studente può fare sempre riferimento al sito web dedicato al corso.