Presentazione

Organizzazione della Didattica

DM270
BIOLOGIA MOLECOLARE

Genomica

9

Corsi comuni

 

Frontali Esercizi Laboratorio Studio Individuale
ORE: 56 0 32 0

Periodo

AnnoPeriodo
I anno2 semestre

Frequenza

Obbligatoria

Erogazione

Lingua

Inglese

Calendario Attività Didattiche

InizioFine
01/03/201611/06/2016

Tipologia

TipologiaAmbitoSSDCFU
caratterizzanteDiscipline del settore biomolecolareBIO/115
caratterizzanteDiscipline del settore biomolecolareBIO/184


Responsabile Insegnamento

ResponsabileSSDStruttura
Prof. VALLE GIORGIOBIO/11Dipartimento di Biologia

Altri Docenti

Non previsti

Attività di Supporto alla Didattica

Esercitatore
Dott. TARGON ROBIN

Bollettino

I contenuti del corso sono stati definiti tenendo in considerazione i programmi della laurea triennale in Biologia Molecolare dell'Università di Padova. Si presuppone in particolare che gli studenti abbiano una approfondita conoscenza della genetica, della biologia molecolare e della Bioinformatica. Il corso è in lingua inglese, quindi è necessario avere una buona conoscenza dell'inglese scritto e parlato.

Il corso è diviso in tre parti principali: 1) Tecnologie di sequenziamento di DNA e sequenziamento genomico "shotgun"; 2) Genomica funzionale, inclusa trascrittomica, proteomica, interattomica, predizione genica, annotazione genica, epigenomica; 3) Analisi di polimorfismi, risequenziamento di genomi ed esomi, medicina personalizzata, integrazione di dati e biologia dei sistemi. Inoltre il corso è accompagnato da esercitazioni pratiche in cui gli studenti applicheranno metodi bioinformatici per analizzare dati genomici. In considerazione della complessità della materia e in accordo con i descrittori di Dublino, particolare attenzione sarà dedicata affinché gli studenti acquisiscano la capacità di integrare le conoscenze e gestire la complessità dei problemi trattati, nonché di formulare giudizi sulla base di informazioni limitate e spesso frammentarie.

Il corso sarà tenuto con lezioni frontali e con esercitazioni pratiche. Sarà stimolata la discussione in classe.

Il Corso consiste in 9 crediti formativi: 7 di lezioni e 2 di esercitazioni pratiche. Le lezioni saranno articolate nel seguente modo. Part 1. Presentation of course and practicals Introduction: Life, Biology, Information, Genomes, Evolution History of genomics Next Generation sequencing (NGS) NGS: data formats for reads Classical sequence alignment and assembly algorithms NGS read alignment Alignment formats: gff, sam and bam Genome assembly with NGS data Mate pair libraries and scaffolding Metagenomics Part 2 Transcriptome: Northern, EST, Full length, Microarrays RNAseq Analysis of RNAseq data Proteomics miRNA, miRNA target prediction; lincRNA Interactomics, and functional associations Gene prediction, gene ontology and gene annotation DNA methylation and methylome analysis Histone modification and ChIP analysis" Part 3 Analysis of human mutations and polymorphisms GWAS Genome re-sequencing and Exome sequencing Personalized medicine and related bioinformatics Genome browser" Data integration and systems biology General summary, discussion and conclusions

L'esame sarà orale, ma un continuo monitoraggio sarà attuato durante l'intera durata del corso per verificare la comprensione degli studenti.

Nell'esame finale gli studenti dovranno dimostrare una compprensione sistematica del settore e dovranno sapersi destreggiare con i metodi della ricerca associati ad esso. Inoltre gli studenti dovrebbero essere capaci di analisi critica, di valutare e sintetizzare idee nuove e complesse, integrando gli argomenti di questo corso con altre conoscenze.

CONTENUTO NON PRESENTE

Non sono previsti libri ufficiali di testo e gli studenti saranno stimolati a trovare le informazioni su fonti multiple. Materiale didattico con gli approfondimenti di quanto spiegato a lezione sarà disponibile sul sito web del docente: http://didattica.cribi.unipd.it/genomica.