Presentazione

Organizzazione della Didattica

DM270
BIOTECNOLOGIE ORD. 2011


7

Piano di studio MOLECOLARE, CELLULARE E AMBIENTALE

 

Frontali Esercizi Laboratorio Studio Individuale
ORE: 36 32 8 102

Periodo

AnnoPeriodo
III anno2 semestre

Frequenza

Obbligatoria

Erogazione

Convenzionale

Lingua

Italiano

Calendario Attività Didattiche

InizioFine
01/03/201611/06/2016

Tipologia

TipologiaAmbitoSSDCFU
affine/integrativo Nessun ambitoBIO/115
altre attivita' Nessun ambitoINF/012


Responsabile Insegnamento

ResponsabileSSDStruttura
Prof. FILIPPINI FRANCESCOBIO/11Dipartimento di Biologia

Altri Docenti

DocenteCoperturaSSDStruttura
Prof. FILIPPINI FRANCESCOIstituzionaleBIO/11Dipartimento di Biologia

Attività di Supporto alla Didattica

Esercitatore
Dott.ssa HERNANDEZ GOMEZ YURIKO SUEMI
NIERO MATTIA

Bollettino

Conoscenze fondamentali di Biologia Molecolare e di Biochimica (DNA, RNA, proteine, struttura e funzione di geni, regolazione e trascrizione, proteine, domini e siti, clonaggio ed espressione, sequenziamento).

Gli studenti dovranno acquisire le conoscenze metodologiche e scientifiche e le abilità applicative relative ai contenuti del corso (illustrati nella sezione "Contenuti").

Gli studenti acquisiscono le conoscenze e competenze specifiche sia attraverso la frequenza, le attività e l'interazione con i docenti (lezioni ed esercitazioni), sia attraverso lo studio del materiale didattico messo a disposizione dai docenti. L'insegnamento relativo all'Informatica prevede sia lezioni frontali in aula che esperienze di programmazione e utilizzo di applicativi software in aula informatica. L'insegnamento relativo alla Bioinformatica prevede lezioni con esempi, interazione costante durante il corso con domande e risposte, simulazioni applicative "problem solving", esercitazioni in aula informatica con una fase di training seguita da una fase test, simulazioni pre esame con domande, risposte ed esempi di valutazione delle risposte.

PARTE DI INFORMATICA: Argomenti delle lezioni in aula: - Concetti e nozioni base dell’informatica (architettura di Von Neumann) - Sistemi Operativi (Unix/Linux e Windows) - Reti (Internet e World Wide Web, TCP/IP, SSH, e-mail, HTML, motori di ricerca). In aula informatica saranno coperti i seguenti argomenti: - Elementi di programmazione utilizzando il linguaggio Python - Utilizzo degli operatori booleani PARTE DI BIOINFORMATICA: La Bioinformatica nel contesto delle Biotecnologie e della Biologia Molecolare. I database biologici e i tools di ricerca. Elementi cruciali dei biodatabase: schede, campi, ID, AC. Principali organizzazioni e biodatabase internazionali: risorse NCBI e EBI per le interrogazioni semplici e complesse. Allineamento di sequenze di DNA e proteine: possibilità, limiti ed interpretazione. Criteri per la valutazione della similarità. Allineamento globale e locale. Scoring system. Matrici "dot plot", PAM e BLOSUM. BLAST: basi algoritmiche, applicazioni base e speciali. Scelta di applicazione e db in funzione delle ricerche, valutazione dei risultati. Tuning per modifica dei settings e reiterazione. Filtri e opzioni di output. Allineamento multiplo. Individuazione/definizione di domini con PSI-BLAST. Marcatori in sequenze di proteine: espressioni regolari e profili. Regioni ripetute: rilevanza biologica di frequenza e distribuzione. Pattern scanning in proteine. PROSITE. Indici di precisione e recall. Pattern promotoriali nel DNA: identificazione di regioni regolative. Predizione di struttura secondarie; allineamenti e marcatori structure-based. Le esercitazioni verteranno sull'applicazione dei principali tools per la ricerca di similaritàà (applicazioni di BLAST), di espressioni regolari e profili (ScanProsite, PROscan) e sulla loro integrazione come strumenti analitici e predittivi.

Per quanto riguarda l'Informatica, lo studente deve superare una prova basata su domande relative agli argomenti della parte di corso. Per quanto riguarda la Bioinformatica, l'esame prevede accertamenti (report scritti) sulla parte pratica ed un colloquio sulle esercitazioni e sulle nozioni di teoria.

Coerentemente con l'attesa acquisizione da parte degli studenti sia di conoscenze teoriche che di competenze applicative, la valutazione tiene conto tanto della conoscenza delle basi scientifiche degli argomenti trattati nel corso quanto delle capacità mostrate nell'applicazione pratica. Pertanto l'esame prevede domande volte a valutare anche le competenze pratiche acquisite nell'uso di strumenti di analisi e predizione.

J. Glenn Brookshear, Informatica. Una panoramica generale. -: Pearson, 2006

Per la parte di Informatica sono rese disponibili le presentazioni utilizzate a lezione e per la programmazione in Python si fa riferimento a parti del libro scaricabile liberamente da http://www.python.it/doc/Howtothink/HowToThink_ITA.pdf Per la parte di Bioinformatica il docente ha creato un sito web che viene aggiornato annualmente ed attraverso il quale gli studenti possono accedere alla guida on line alle esercitazioni, scaricare liberamente i materiali didattici (dispense sugli argomenti del programma), visualizzare il calendario di lezioni ed esercitazioni, avvisi ecc., nonchè collegarsi ad utili risorse remote (siti web di server con database e tools pubblici per analisi bioinformatiche).