Presentazione

Organizzazione della Didattica

DM270
BIOLOGIA EVOLUZIONISTICA ORD. 2009


6

Corsi comuni

 

Frontali Esercizi Laboratorio Studio Individuale
ORE: 32 16 16 60

Periodo

AnnoPeriodo
I anno1 semestre

Frequenza

Obbligatoria

Erogazione

Convenzionale

Lingua

Italiano

Calendario Attività Didattiche

InizioFine
02/10/201719/01/2018

Tipologia

TipologiaAmbitoSSDCFU
altre attivita' Nessun ambitoBIO/104
caratterizzanteDiscipline del settore biomolecolareBIO/112


Responsabile Insegnamento

ResponsabileSSDStruttura
Prof.ssa BORTOLUZZI STEFANIABIO/13DIPARTIMENTO DI MEDICINA MOLECOLARE

Altri Docenti

Non previsti.

Attività di Supporto alla Didattica

Esercitatore
Dott. COPPE ALESSANDRO
Dott. GAFFO ENRICO

Bollettino

Conoscenza di base della genetica e della biologia molecolare. Nozioni di base di informatica.

Il corso si propone di dare una panoramica non avanzata ma completa dei principali argomenti della bioinformatica. Gli studenti acquisiranno capacità di orientarsi nei principali database di dati e conoscenza, svilupperanno abilità nel trattamento di biosequenze (allineamenti, ricerca di similarità), e nella predizione di strutture e funzioni di biomolecole a partire da dati di sequenza. Gli studenti comprenderanno le potenzialità e le criticità degli approcci NGS per il sequenziamento e il risequenziamento di genomi e trascrittomi.

Il corso sarà tenuto con lezioni frontali (32 ore) e con esercitazioni pratiche (32 ore). Verrà svolto un Journal Club (Bioinformatica applicata in studi di Genomica Comparativa e Evoluzione Molecolare).

Database e data retrieval (biosequenze, database secondari e di conoscenza, strutture). Allineamento di sequenze di acidi nucleici e proteine, matrici di sostituzione, metodi di allineamento esatto e euristici. Ricerca di similarità, BLAST. Allineamento multiplo di sequenze, Clustal Omega e Tcoffee. Predizione della struttura tridimensionale delle biomolecule. Folding delle proteine (metodi ab inizio, comparative modeling e threading) e degli RNA. Risorse Genomiche (NCBI, UCSC Genome Browser, ENSEMBL). Genome sequencing, assembly, and annotation. Genome resequencing. Cenni su Metodi di mappaggio per l'analisi di dati NGS e transcriptome assembly. Genomica comparativa. Sessioni pratiche sugli argomenti del corso (Shell e Python).

L'esame sarà scritto. L'attività pratica verrà monitorata alla fine di ogni esercitazione. IL Journal Club sarà valutato.

Nell'esame finale gli studenti dovranno dimostrare una buona omprensione del settore e dovranno sapersi destreggiare con i metodi della ricerca associati ad esso, integrando gli argomenti di questo corso con altre conoscenze.

CONTENUTO NON PRESENTE

Testo consigliato: Bioinformatica. Dalla sequenza alla struttura delle proteine Stefano Pascarella e Alessandro Paiardini. Zanichelli. 2014 Materiale didattico disponibile sul sito web del docente: http://compgen.bio.unipd.it/~stefania/Didattica/ Altre informazioni su approfondimenti verranno comunicate a lezione.