Presentazione

Organizzazione della Didattica

DM270
BIOLOGIA MOLECOLARE


9

Corsi comuni

 

Frontali Esercizi Laboratorio Studio Individuale
ORE: 56 0 32 0

Periodo

AnnoPeriodo
I anno2 semestre

Frequenza

Obbligatoria

Erogazione

Lingua

Inglese

Calendario Attività Didattiche

InizioFine
26/02/201801/06/2018

Tipologia

TipologiaAmbitoSSDCFU
caratterizzanteDiscipline del settore biomolecolareBIO/115
caratterizzanteDiscipline del settore biomolecolareBIO/184


Responsabile Insegnamento

ResponsabileSSDStruttura
Prof. VALLE GIORGIOBIO/11Dipartimento di Biologia

Altri Docenti

Non previsti.

Attività di Supporto alla Didattica

Non previste.

Bollettino

I contenuti del corso sono stati definiti tenendo in considerazione i programmi della laurea triennale in Biologia Molecolare dell'Università di Padova. Si presuppone in particolare che gli studenti abbiano una approfondita conoscenza della genetica, della biologia molecolare e della Bioinformatica. Il corso è in lingua inglese, quindi è necessario avere una buona conoscenza dell'inglese scritto e parlato.

Il corso è diviso in tre parti principali: 1) Tecnologie di sequenziamento di DNA e sequenziamento genomico; 2) Genomica funzionale, inclusa trascrittomica, proteomica, interattomica, predizione genica, annotazione genica, epigenomica; 3) Analisi di polimorfismi, risequenziamento di genomi ed esomi, medicina personalizzata, integrazione di dati e biologia dei sistemi. Inoltre il corso è accompagnato da esercitazioni pratiche in cui gli studenti si cimenteranno nella costruzione di librerie "NGS" e applicheranno metodi bioinformatici per analizzare dati genomici. In considerazione della complessità della materia e in accordo con i descrittori di Dublino, particolare attenzione sarà dedicata affinché gli studenti acquisiscano la capacità di integrare le conoscenze e gestire la complessità dei problemi trattati, nonché di formulare giudizi sulla base di informazioni limitate e spesso frammentarie.

Il corso sarà tenuto con lezioni frontali e con esercitazioni pratiche. L'attività didattica sarà supportata da risorse messe a disposizione sulla piattaforma e-learning "Moodle", che comprendono materiale per apprendimento remoto e per auto-valutazione. In questo modo si vuole promuovere un'attività di "blended learning" con cui lo studente, almeno in parte, impara autonomamente, seguendo un percorso che lo accompagna attraverso contenuti reperibili in rete. Dove possible si applicherà il paradigma della "flipped classroom" che inverte lo schema tradizionale di insegnamento, prevedendo che prima lo studente impari la lezione autonomamente per poi discutere e approfondire gli argomenti in classe, con il docente e con gli altri studenti. Un'ampia raccolta di problemi, questionari ed esercizi viene messa a disposizione sulla piattaforma Moodle, sia per consentire l'autovalutazione, sia per stimolare argomenti di discussione da approfondire in classe.

Il Corso consiste in 9 crediti formativi: 7 di lezioni e 2 di esercitazioni pratiche. Ogni titolo riportato sotto corrisponde a circa due ore di lezione frontale più quattro ore di studio. Le lezioni saranno articolate nel seguente modo. Part 1. Presentation of course and practicals Introduction: Life, Biology, Information, Genomes, Evolution History of genomics Next Generation sequencing (NGS) NGS: data formats for reads Classical sequence alignment and assembly algorithms NGS read alignment Alignment formats: gff, sam and bam Genome assembly with NGS data Mate pair libraries and scaffolding Metagenomics Part 2 Transcriptome: Northern, EST, Full length, Microarrays RNAseq Analysis of RNAseq data Proteomics miRNA, miRNA target prediction; lincRNA Interactomics, and functional associations Gene prediction, gene ontology and gene annotation DNA methylation and methylome analysis Histone modification and ChIP analysis" Part 3 Analysis of human mutations and polymorphisms GWAS Genome re-sequencing and Exome sequencing Personalized medicine and related bioinformatics Genome browsers Data integration and systems biology General summary, discussion and conclusions

L'esame sarà scritto, ma un continuo monitoraggio sarà attuato durante l'intera durata del corso per verificare la comprensione degli studenti.

Nell'esame finale gli studenti dovranno dimostrare una comprensione sistematica del settore e dovranno sapersi destreggiare con i metodi della ricerca associati ad esso. Inoltre gli studenti dovrebbero essere capaci di analisi critica, di valutare e sintetizzare idee nuove e complesse, integrando gli argomenti di questo corso con altre conoscenze.

CONTENUTO NON PRESENTE

Non sono previsti libri ufficiali di testo e gli studenti saranno stimolati a trovare le informazioni su fonti multiple. Il materiale didattico sarà messo a disposizione sulla piattaforma e-learning Moodle.