Presentazione

Organizzazione della Didattica

DM270
INFORMATICA ORD. 2014


6

Corsi comuni

 

Frontali Esercizi Laboratorio Studio Individuale
ORE: 32 16 0 102

Periodo

AnnoPeriodo
I anno2 semestre

Frequenza

Facoltativa

Erogazione

Convenzionale

Lingua

Inglese

Calendario Attività Didattiche

InizioFine
26/02/201801/06/2018

Tipologia

No results found

Responsabile Insegnamento

ResponsabileSSDStruttura
Prof. TOSATTO SILVIOBIO/10DIPARTIMENTO DI SCIENZE BIOMEDICHE SPERIMENTALI

Altri Docenti

DocenteCoperturaSSDStruttura
Dott. CAL TITOIstituzionaleBIO/10DIPARTIMENTO DI SCIENZE BIOMEDICHE - DSB

Attività di Supporto alla Didattica

Non previste.

Bollettino

Conoscenze base di algoritmi di ottimizzazione e machine learning. Linguaggi di programmazione C++ e/o Java.

Il corso intende comunicare le conoscenze di base sulla struttura e funzione della materia vivente nonché i principali metodi computazionali per il loro studio. Inoltre intende permettere allo studente lo svolgimento autonomo di un progetto di ricerca in bioinformatica strutturale, definendo lo stato dell’arte per un problema aperto e un tentativo di risolverlo con lo sviluppo di software che estenda librerie esistenti e la valutazione critica dei risultati ottenuti.

Il corso si compone di lezioni frontali, esercitazioni pratiche al computer, sviluppo di un progetto e presentazione dello stesso con discussione critica. Le esercitazioni servono per familiarizzare lo studente con le librerie software da usare per un progetto bioinformatico relativo ad un problema attuale diverso per ogni gruppo. La presentazione del progetto richiede una discussione in cui far emergere i punti di forza e debolezza del software implementato.

Il corso si compone di due parti: 1) Introduzione alla materia vivente (2 CFU): 1.1) Cenni di chimica organica 1.2) Interazioni deboli ed energetica 1.3) Struttura e funzione di DNA e proteine 1.4) Lipidi, membrane e trasporto cellulare 2) Biochimica computazionale (4 CFU): 2.1) Banche dati biologiche 2.2) Librerie software e concetti per allineamenti di sequenza, profili e ricerca in banche dati 2.3) Relazione sequenza – struttura – funzione nelle proteine e classificazione 2.4) Metodi per la predizione della struttura delle proteine da sequenza. L’esperimento CASP. 2.5) Metodi per la predizione di funzione delle proteine. L’esperimento CAFA. 2.6) Cenni di biologia delle reti e dei sistemi. 2.7) Correlazione genotipo – fenotipo. L’esperimento CAGI.

L'esame si compone di tre parti separate, che devono essere superate tutte: (i valori tra parentesi indicano i pesi per il voto complessivo) 1) Test scritto sulle nozioni di biochimica (ca. 30%) 2) Progetto software (ca. 40%) 3) Presentazione del progetto con valutazione critica (ca. 30%)

Viene valutata: 1) la comprensione di concetti e gli algoritmi presentati a lezione 2) la capacità di applicare le nozioni fornite a lezione su problemi reali 3) la capacità critica di saper utilizzare i metodi nei modi più opportuni, scegliendo tra le alternative possibili 4) la capacità di sviluppare software riutilizzabile estendendo librerie esistenti 5) la capacità espositiva e di discussione critica

K.C. Mathews, K.E. Van Holde, K.G. Ahern, Biochimica (3° edizione). : Casa Editrice Ambrosiana, 2004 S. Pascarella, A. Paiardini, Bioinformatica. : Zanichelli, 2011

Sul sito E-learning vengono resi disponibili molti materiali per il corso. Questi comprendono i lucidi del corso (appena disponibili) e le registrazioni audio (podcast), le dispense e la letteratura usata per i progetti. Le dispense scaricabili in formato PDF contengono oltre 300 pagine per facilitare lo studio.