Nel 1399 l'Università di Padova (1222) si separò in Università degli Artisti, dediti alle arti liberali, e in Università dei Giuristi fino alla riunificazione del 1806. La Facoltà di Scienze Matematiche, Fisiche e Naturali è l'erede diretta dell'Università degli Artisti, unitamente alla Facoltà di Medicina e alla Facoltà di Lettere e Filosofia. L'attuale denominazione del 1873 sostituisce la sequenza delle precedenti: Facoltà fisico- matematica, Facoltà filosofica, Facoltà filosofico-matematica, Facoltà matematica, Studio matematico. Il Preside assunse talora il titolo alternativo di Sindaco o di Direttore.